普通有機肥包括商品有機肥和農家肥兩種。農家肥容易得到，但往往含有大量的病原菌和蟲卵，生產中往往未經充分腐熟直接施入土壤，產生的大量的氨氣和有機酸，會造成燒苗、土壤板結等問題，嚴重的甚至造成重金屬超標。商業有機肥是以牲畜糞便、動植物殘體為原料加工所生產下腳料為原料，經過發酵腐熟后制成的符合國家標準的有機肥料。但有的小廠家未進行合格的高溫發酵，導致達不到標準，對農作物也有較大的傷害。

而生物有機肥是在精制有機肥的基礎上又添加了特定功能微生物的一類兼具微生物肥料和有機肥效應的肥料。大部分有機肥中含有微生物，但是未經過嚴格無害化處理，致使有機肥中含有大量病原菌。而生物有機肥中的微生物是經過人類篩選的、具有一定功能的微生物，且不同生物有機肥所選用的微生物菌種和菌株不同，其在土壤中的功效也具有極大的差別。